مكتبة المعهد الإكليريكي هي من أولى مكتبات فلسطين، فقد تأسست عام 1856م. تعدُّ المكتبة، والخدمات التي تقدِّمها، عنصراً حيوياً للرسالة التعليمية والتربوية الخاصة بالبطريركية اللاتينية. وتكمن رسالتها بخدمة المجتمع الأكاديمي، في المعهد وخارجه.

تحتوي المكتبة على ما يقارب الخمسون ألف كتاب، بلغات مختلفة، مضافاً إليها مجموعة كبيرة من الدوريات. وما يميزها هو تعدُّد لغات كتبها، حيث أنَّ نصف الكتب تقريباً، هي باللغة الفرنسية، والبقية موزعة على لغات أخرى، مثل: العربية، الإنجليزية، الإيطالية، اللاتينية، والألمانية، وغيرها. كانت تقتصر المكتبة، منذ تأسيسها، على الكتب الدينية فقط، أمّا اليوم، فتحتوي على كتب لتخصُّصات أخرى متنوعة، كما أصبحت مُتاحة للطلبة والباحثين، الراغبين من الاستفادة من كنوزها.

وتدأب إدارة المعهد على استخدام التقنيات التكنولوجية المناسبة، بهدف تحسين الأداء، وتسهيل الخدمات، من خلال توفير نظام إلكتروني سهل الاستخدام، للبحث، وإعارة الكتب.